根据《国家税务总局关于加强新办商贸企业增值税征收管理有关问题的紧急通知》（国税发明电〔2004〕37号）第三条第六款规定：“在辅导期内，商贸企业取得的专用发票抵扣联、海关进口增值税专用缴款书、废旧物资普通发票以及货物运输发票，要在交叉稽核比对无误后方可予以抵扣。”
《国家税务总局关于辅导期一般纳税人实施“先比对、后扣税”有关管理问题的通知》（国税发明电〔2004〕51号）第一条规定：“辅导期一般纳税人应在‘应交税金’科目下增设‘待抵扣进项税额’明细科目，该明细科目用于核算辅导期一般纳税人取得尚未进行交叉稽核比对的已认证专用发票抵扣联、海关进口增值税专用缴款书、废旧物资普通发票以及货物运输发票进项税额。当辅导期一般纳税人取得上述扣税凭证后、应借记‘应交税金——待抵扣进项税额’明细科目，贷记相关科目；交叉稽核比对无误后，应借记‘应交税金——应交增值税（进项税额）’，贷记‘应交税金———待抵扣进项税额’。经核实不得抵扣的进项税额，红字借记‘应交税金——待抵扣进项税额’，红字贷记相关科目。”
也就是说，辅导期一般纳税人的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、废旧物资普通发票以及货物运输发票的进项税只有在交叉稽核比对无误后，才能申报抵扣，未进行比对或比对不符的一律不准申报抵扣。认证后、比对前的进项税一律先记入“应交税金——待抵扣进项税额”明细科目。
如果企业在比对信息返回前已将进项税额记入“应交税金——应交增值税（进项税额）”科目，并申报抵扣了销项税额，应采取以下措施补救：
首先，按《企业会计制度》和《国家税务总局关于辅导期一般纳税人实施“先比对、后扣税”有关管理问题的通知》（国税发明电〔2004〕51号）以及《财政部关于对增值税会计处理有关问题补充规定的通知》（财会字〔1995〕22号）规定，将已记入“应交税金———应交增值税（进项税额）”科目的进项税额转出，记入“应交税金——待抵扣进项税额”科目，将未缴的增值税记入“应交税金——未交增值税”科目。
