辅导期一般纳税人取得的专用发票抵扣联以及海关进口增值税专用缴款书、废旧物资普通发票和货物运输发票，要在收票当月及时到税务机关认证以及录成清单（磁盘）交主管税务机关，并根据“应交税金——待抵扣进项税额”明细科目将数据填写在增值税纳税申报表附列资料（表二）中“待抵扣进项税额”相关栏次内。
发票当月认证下月抵扣，在填表时附表二填：24、25、35栏，在下月时将要抵扣的进项税额填入23栏，如果还有当月认证下月抵扣的发票，继续填：24、25、35栏。（主要是针对附表二，其他表不填）
辅导期一般纳税人在接到主管税务机关稽核比对结果的当月，按以下要求填写《增值税纳税申报表附列资料（表二）》，并于次月纳税申报期前申报抵扣:
（一）第3栏填写税务机关告知的稽核比对结果通知书及其明细清单注明的稽核相符专用发累、协查结果中允许抵扣的专用发票的份数、金额、税额。
（二）第5栏填写税务机关告知的稽核比对结果通知书及其明细清单注明的稽核相符海关完税凭证、协查结果中允许抵扣的海关完税凭证的份数、金额、税额。
（三）第7栏填写税务机关告知的稽核比对结果通知书及其明细清单注明的稽核相符废旧物资普通发票、协查结果中允许抵扣的废旧物资普通发票的份数、金额、税额。
（四）第8栏填写税务机关告知的稽核比对结果通知书及其明细清单注明的稽核相符货物运输发票、协查结果中允许抵扣的货物运输发票的份数、金额、税额。
（五）第9栏和第10栏分别填写税务机关告知的稽核比对结果通知书及其明细清单注明稽核相符的税务局代开6、4征收率增值税专用发票、协查结果中允许抵扣的税务局代开6、4征收率增值税专用发票的份数、金额、税额。
（六）第23栏填写认证相符但未收到稽核比对结果的防伪税控增值税专用发票月初余额数。
(七）第24栏填写本月己认证相符但未收到稽核比对结果的防伪税控增值税专用发票数据。
（八）第25栏填写已认证相符但未收到稽核比对结果的防伪税控增值税专用发票月末余额数。
（九）第28栏填写本月未收到稽核比对结果的海关完税凭证数据。
（十）第30栏填写本月未收到稽核比对结果的废旧物资普通发票数据。
（十一）第31栏填写本月未收到稽核比对结果的货物运输发票数据。
（十二）第32栏填写本月来收到稽核比对结果的税务局代开6%的增值税专用发票数据。(国税发明电[2004]51号)
一般纳税人用当期留抵税款抵缴查补税款时，计算当期留抵税款抵缴增值税查补税款的过程均在表外完成，《增值税纳税申报表》主表第4栏、第11栏、第14栏、第16栏均按照抵减后的余额填写。
